• 苦瓜-热门标签-华商生活 2019-05-25
  • 身高没有达到标准就不能认证教师资格证吗? 2019-05-25
  • 目前的缓和,是美国中期选举特郎普需要外交得分。 2019-05-24
  • 雪域高原 山地步兵备战国际军事比赛“厄尔布鲁士之环”项目 2019-05-24
  • 你们中了美国思维,中国思维却相反 2019-05-23
  • 光伏补贴新政逼退落后产能 平价上网"曙光初现" 2019-05-22
  • 我在吃饭,好像人只能吃饭不能作别的了。看着就笑笑 2019-05-21
  • 三亚天涯区将率先在海南开设帆板帆船体育课 2019-05-21
  • 刘建辉:“产城人文”有机融合造就灯饰特色小镇 2019-05-20
  • 西安明德门遗址保护工程启动 将1∶1异地重现五门道城门明德门保护-要闻 2019-05-19
  • 中山八路总站 调整12公交线 2019-05-19
  • 喀纳斯景区再添8只天鹅宝宝 2019-05-18
  • 砖家不知道(28)20万元打破常规的SUV 2019-05-18
  • 《伊阿索密码》曝动作特辑 惊悚悬疑燃爆未来 2019-05-17
  • 《法医秦明2》曝光终极海报 定档6月15日 2019-05-17
  • 温州市永大轻工机械有限公司

    栏目导航
    新闻中心
    行业动态
    企业动态
    联系我们
    服务热线
    0577-86803301
    地址:浙江省温州经济技术开发区滨海园区滨海三道十路
    北京生科院赵方庆团队发表环形非编码RNA识别新
    浏览: 发布日期:2017-03-04

    【亚洲流体网讯】环形RNA是一类丰富的、稳定的、保守的非编码RNA分子,与线性RNA不同,它不具有5'末端帽子和3'末端ploy(A)尾巴、并以共价键形成环状结构。真核生物基因组中包含大量非编码RNA基因,计算RNA组学采用信息科学等多学科方法解析ncRNA的结构与功能。
    2月28日,国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因为目前在环形RNA识别方面存在着假阳性率高、敏感度不够等问题,该团队研究并提出了全新的多重种子匹配算法及最大似然估计模型,可以精确识别环形RNA接头序列,以显着提升环形RNA的识别效率。
     
    目前已有的环形RNA识别算法均基于对环形RNA接头序列的查找,可分为基于注释的算法以及从头预测的算法。然而,由于真核生物转录的复杂性及环形RNA分子的特殊性,以上两类识别算法均面临着灵敏度低、可靠性差、运算时间长或内存使用高等问题,其应用也因此受到限制。此外,对上述识别算法的评价体系却仍主要依赖模拟数据,难以对相关算法在真实转录数据中的表现进行客观衡量。
     
    针对此现状,赵方庆团队提出基于多重种子匹配策略的算法,针对比对质量较低的基因组区域,按长度降序进行种子序列提取,并将之与前后侧翼基因组区域进行快速匹配。同时,建立了最大似然估计模型,判断该种子序列的真实来源,并排除来自线性转录本或剪接副产物的干扰,从而极大提高了环形RNA分子识别的精度。该研究摒弃了偏差较大的模拟数据评测方法,采用 RNase R降解前后真实转录数据的比对体系,对10种已有算法进行全面的评测比较。结果显示该研究建立的方法在包含灵敏度与可靠性在内的综合表现(F1得分)上具有明显的优势,其并行模式还可进一步提升运算速度及内存使用效率。该算法与此团队开发的CIRI, CIRI-AS等分析工具(Genome Biology, 2015; Nature Communications, 2016)实现无缝衔接,将进一步促进环形RNA组成及功能等方面的研究。
     
    该工作由赵方庆课题组的研究生高远和张金阳完成,得到了国家自然科学基金委和中科院的经费支持。
    ?

    双色球怎样在网上合买 www.wzkrt.tw 温州市永大轻工机械有限公司

    联系方式:0577-86803301

    地址:浙江省温州经济技术开发区滨海园区滨海三道十路

    备案号:浙ICP备11015837号-1 技术支持:温州盛豪网络科技有限公司
  • 苦瓜-热门标签-华商生活 2019-05-25
  • 身高没有达到标准就不能认证教师资格证吗? 2019-05-25
  • 目前的缓和,是美国中期选举特郎普需要外交得分。 2019-05-24
  • 雪域高原 山地步兵备战国际军事比赛“厄尔布鲁士之环”项目 2019-05-24
  • 你们中了美国思维,中国思维却相反 2019-05-23
  • 光伏补贴新政逼退落后产能 平价上网"曙光初现" 2019-05-22
  • 我在吃饭,好像人只能吃饭不能作别的了。看着就笑笑 2019-05-21
  • 三亚天涯区将率先在海南开设帆板帆船体育课 2019-05-21
  • 刘建辉:“产城人文”有机融合造就灯饰特色小镇 2019-05-20
  • 西安明德门遗址保护工程启动 将1∶1异地重现五门道城门明德门保护-要闻 2019-05-19
  • 中山八路总站 调整12公交线 2019-05-19
  • 喀纳斯景区再添8只天鹅宝宝 2019-05-18
  • 砖家不知道(28)20万元打破常规的SUV 2019-05-18
  • 《伊阿索密码》曝动作特辑 惊悚悬疑燃爆未来 2019-05-17
  • 《法医秦明2》曝光终极海报 定档6月15日 2019-05-17